数控母线加工机与常规母线机机械部分相同的故障可用常规母线机机械故障处理规定对待。但由于数控母线加工机机床多采用电气控制，使机械结构简化，所以机械故障率有明显地降低。
由于数控母线加工机的传动链大多采用滚动摩擦副，所以这方面的故障大多表现为运动品质下降而造成。如反向间隙增大，定位精度达不到要求、机械爬行现象，轴承噪声变大（尤其有机械硬碰撞之后易产生）等。这部分的维修常与运动副的预紧力，松动环和补偿环节的调整有密切关联。
这部分故障多与刀柄的自动拉紧装置、自动变档装置及主轴运动精度下降等有关。因为数控母线加工机采取电气自动调速后已取消了机械变速箱装置，有时虽有变速箱但也十分简单，结构上简化使故障大为减少。
数控母线加工机配备了许多限位运动的行程开关，使用一段时间后，使运动部件的运动特性起了变化以及压合行程开关的机械可靠性与行程开关本身的品质、特性都会影响整机的运动。这就需要很好地检查、更换或调整。
